Disk Utilityではちょっと不安なのでもう少しいろんなことをしてくれるメンテナンスソフトを探して実際に使ってみました。その中でオススメなのがAppleJackです。シングルユーザーモードで動作するシンプルなソフトで操作がとても簡単にできます。AppleJackは「ディスク修復」「パーミッション修復」「キャッシュファイルクリア」「preferenceファイル修復」「swap ファイル削除」の5つの処理を行ってくれます。ちなみにディスク修復はシングルユーザーモードでfsck -fコマンドと同じことです。

使い方
1.ソフトをダウンロードしインストールする。
2.起動時にコマンド+Sキーを押し続けるとシングルユーザーモードになります。
3. applejack auto restart とタイプしてリターンキーを押す。
　自動的に処理がはじまり処理終了後に再起動してくれます。

OS、セキュリティアップデートなどを行った後は必ずapplejackを実行しておきましょう。この効果？なのか最近は深刻なトラブルになったことがないです。
長く使うコツとしてはこまめなメンテナンスが必須です。