前にMacのメンテナンスはapplejackを使っていれば問題無しと言いましたが
1つだけ解決できないエラーがあります。それはディレクトリの損傷が原因で
エラーになるパターンです。ディレクトリとはMac OSにおいてディスク上の
全保存情報が記録されている場所のことです。つまりどの場所にどんな名前や
種類のフォルダ・ファイルがあるかといことを記録しています。
この情報が壊れてしまうとファイルの読み出しができなくなります。
ディレクトリの損傷を修復するには専門ソフトを使うしかありません。
私が使っているのは DiskWarrior 3.0.3(OS 10.4対応)です。
このソフトはディレクトリブロック、ボリュームヘッダ、
カタログツリーなどをチェックしてエラー箇所を修復してくれます。
操作も簡単にでき初心者でも戸惑うことなく使えます。
このソフトで2ヶ月に1回の割合でメンテナンスしておけば（ハード的エラー以外）
ハードディスクのトラブルにあうことも無いはずです。
大きなトラブルを回避するには日頃からメンテナンスしておくことが大切です。
もし専用ソフトを使わないならHDDをフォーマットするしかありません。

ディスクウォーリア 3.0 Macintosh (2004/04/28) 亘香通商 この商品の詳細を見る

追記：QuickTime 7.0.4以降をインストールしていると
　　　DiskWarriorで不具合が起こる問題
MacFixitに投稿された情報によるとDiskWarrior.app「パッケージの内容を表示」で
Contents > Resources
Resourcesの中にある「Complete.aiff」のファイル名を「Alert Complete.aiff」に
変えます。これでQuickTime 7.0.4以降をインストールしても不具合が
起きないようになります。

Flip4Mac WMV v2.1.0.29 Beta (PPC/Intel)がリリースされました。
universal binary化されIntel Macもサポートされました。
ベータ版なので取り扱い注意。
更新履歴
・Added universal binary support for Intel Macs
・Added playback optimizations for Intel Macs
・Added significant export optimizations for PowerPC Macs
・Added multi language audio support in player
・Added overlay when importing WMV content in trial mode
・Added support for web authors to disable "save as" feature in
　embedded stream Improved support for MMS servers and live streams
・Fixed DCT Blocking issue (progressive deterioration with increasing
　distance from previous keyframe)
・Fixed encode errors when the audio bit rate is set higher than
　the video bit rate Not yet added (planned for final release)
・Fix 2-pass VBR green shift issue

それからQuickTime 7.1.2 もリリースされてました。
iDVD のプロジェクトをプレビューするとき発生する問題への対処が行われています。
すべての QuickTime 7 ユーザの方にこのアップデートを推奨します。
あんまり重要なアップデートではないです。
アップデート内容より互換性の問題が心配です。